復興（1944-1963）
| 西暦 | 元号 | 出来事 |
|---|---|---|
| 1944 | 昭和19年 |
軍医不足という社会的要請を受け大学付属医学専門部を開設し、463名の人材を輩出（～1951年）
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| 1945 | 昭和20年 | 5月24日、空襲により医学部・病院施設の約6割焼失 |
| 1945 | 昭和20年 | 8月15日、終戦 |
| 1946 | 昭和21年 |
基礎医学教室、武蔵野分校へ移転（～1956年春）
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| 1948 | 昭和23年 |
病院本館竣工（戦後最大の木造建築2階建、153病床）
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| 1950 | 昭和25年 |
エール大学ロング教授らを招聘し、CPC（臨床・病理症例検討会）開始 |
| 1950 | 昭和25年 | 電子顕微鏡研究室開室 |
| 1950 | 昭和25年 |
医学部附属厚生女子学院開設
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| 1952 | 昭和27年 |
新制大学医学部発足
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| 1952 | 昭和27年 | 北里柴三郎博士生誕100年 三四会より第一回北里賞授与 |
| 1955 | 昭和30年 | 進学課程2年、専門課程4年の戦後の教育体系確立 |
| 1956 | 昭和31年 | 大学院医学研究科（博士課程）設置 |
| 1958 | 昭和33年 | 慶應義塾創立100年記念式典 |
| 1961 | 昭和36年 | 米国チャイナ・メディカル・ボードの寄付を受け、基礎医学第二校舎竣工 |
| 1963 | 昭和38年 | 病院中央棟竣工 |
